Der Generaldirektor gewährleistet einen reibungslosen Geschäftsablauf, er trägt die operative sowie die Budgetverantwortung und ist erster Ansprechpartner der Verwaltungsräte und politischer Behörden. Er kann sich auf den Generalsekretär stützen, der gleichfalls sein Stellvertreter ist. Der Generaldirektor, der Generalsekretär und die Abteilungsleiter bilden die Generaldirektion. Er ist der direkte Vorgesetzte der Abteilungsleiter (Infrastruktur, Personenverkehr, Rollmaterial, Finanzen und Personalwesen).

Diese Abteilung betreibt die Infrastrukturanlagen von MOB und MVR. Ihre Aufgabe ist es ihren Partnern Anlagen bereit zu stellen, die über ihre gesamte Lebensdauer sicher, zuverlässig und wirtschaftlich funktionieren und die Bedürfnisse des Personenverkehrs erfüllen. Dazu ist sie für die Instandhaltung und die Entwicklung von 101,9 km Schienennetz (darunter drei Standseilbahnen), aller Bauwerke (Tunnel, Brücken, Galerien), Sicherheitsinstallationen, Bahnstromversorgungsanlagen und Kundenräumlichkeiten verantwortlich. Die Infrastrukturabteilung verwaltet und reguliert den Eisenbahn- und Standseilbahnverkehr in den Betriebszentren in Montreux und Zweisimmen.

Diese Abteilung wird häufig mit RM (oder MR) abgekürzt. Ihre wichtigsten Aufgaben sind der Erwerb, die Wartung und die Modernisierung der Fahrzeugflotte von MOB und MVR. Zur Flotte gehören sowohl Züge als auch Standseilbahnen. RM gewährleistet die Sicherheit, Zuverlässigkeit und eine beispielhafte Verfügbarkeit der Schienenfahrzeuge. Die Flotte von MOB und MVR besteht aus mehr als 30 verschiedenen Fahrzeugtypen, mit insgesamt 185 Wagen (125 für den Personenverkehr und 60 für die Infrastrukturabteilung).

Der Personenverkehr ist die personalstärkste Abteilung. Er plant in enger Zusammenarbeit mit den Bestellern (Kantone und Eidgenossenschaft) das Beförderungsangebot. Er gewährleistet im Bereich Zugführung und Zugbegleitung die Qualitätsstandards des regionalen Personenverkehrs und die Zufriedenheit der touristischen Fahrgäste und Pendler. Die Mitarbeiter im Personenverkehr vertreiben Produkte, die die Kundenerwartungen erfüllen. Sie gewährleisten, dass jeder Kunde Fahrscheine für das In- und Ausland erwerben kann. Der Kunde steht im Mittelpunkt aller Bemühungen.

Die Personalabteilung gewährleistet die Personaladministration und begleitet die MOB-Mitarbeiter. Sie ist für die Rekrutierung, die Löhne und Gehälter, die Versicherungen, die Pensionierungen, die Austrittsmodalitäten verantwortlich. Eckpfeiler ist der Gesamtarbeitsvertrag (GAV).

Die Finanzabteilung gewährleistet die Finanzverwaltung des Unternehmens. Sie schlägt der Direktion Steuerungsinstrumente für ein wirksames Management vor. Zur Finanzabteilung gehören ebenfalls die Bereiche Informatik sowie Einkauf und Logistik. Alle Finanzdienstleistungen sind transversal.